Este instrumento fue inventado por Zacharias Janssen en el año 1590. El descubrimiento de este instrumento fue importantísimo, principalmente por sus aportes en la investigación médica. En 1665 apareció la investigación realizada por William Harvey sobre la circulación sanguínea, al analizar los capilares sanguíneos. En 1667, Marcello Malpighi, biólogo italiano, fue el primer investigador en estudiar tejidos vivos gracias a la observación a través del microscopio.
El holandés Anton van Leeuwenhoek, utilizó microscopios para describir por primera vez diversos organismos, protozoos, bacterias, espermatozoides y glóbulos rojos. Se lo puede considerar como el fundador de la ciencia que estudia el comportamiento de las bacterias, dio origen a la bacteriología. Lo innovador de su técnica es que él realizaba los estudios con sus propios microscopios, dedicaba gran parte de su tiempo en dar forma a lupas, dando a los cristales el espesor milimétrico que necesitaba.
De allí en más se ha avanzado técnicamente incrementando el nivel de ampliación de los microscopios, y esto a su vez posibilitando que la ciencia médica realice investigaciones cada vez más exhaustivas acerca del comportamiento de microorganismos y estudio de células. El avance gracias a la implementación y desarrollo del microscopio fue enorme en el siglo XVIII.
Luego advino el microscopio electrónico, desarrollado en Alemania en el año 1931 por dos investigadores Max Knoll y Ernst Ruska. Esto posibilitó que se logre un aumento de 100.000X, un salto inmenso para la técnica.
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