Existen diversos tipos de microscopios que fueron utilizados a través de la historia, y también existen actualmente microscopios diseñados con un propósito en especial, algunos de estos son:
Microscopio electrónico de barrido
Microscopio óptico
Microscopio simple
Microscopio compuesto
Microscopio de luz ultravioleta
Microscopio de fluorescencia
Microscopio petrográfico
Microscopio en campo oscuro
Microscopio de contraste de fase
Microscopio de luz polarizada
Microscopio confocal
Microscopio electrónico
Microscopio electrónico de transmisión
Microscopio de iones en campo
Microscopio de sonda de barrido
Microscopio de efecto túnel
Microscopio de fuerza atómica
Microscopio virtual
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